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Atlas Antibodies——QPrEST高精度蛋白组学

发表时间:2021-10-22 18:27作者:市场部

Atlas Antibodies

QPrEST


2014年11月,人类蛋白图谱(HPA)项目发布了使用抗体的完整的基于组织的人类蛋白表达图谱的第一个版本。Atlas Antibodies与HPA项目密切合作,继续为基于质谱(MS)的定量蛋白质组学开发先进的抗体和试剂。在可能存在于人体内的20,000个蛋白质编码基因中,Atlas Antibodies已经有超过18,000个抗体,涵盖15,000个基因产品,以及额外的19,000个蛋白质定量MS标准,代表13,000个蛋白质靶点。

在蛋白质组学领域,质谱(MS)是蛋白质分析的首选方法。使用质谱,胰蛋白酶消化的复杂样品中的数千个蛋白质可以在一次运行中被识别出来。除了使蛋白质鉴定成为可能,质谱也成为蛋白质定量的关键工具,是精确测量蛋白质丰度的一种策略,在与蛋白质感兴趣的相对应的重同位素标记标准中激增。

QPrEST——高精度蛋白组学


      QPrEST是使用质谱法进行绝对定量的稳定同位素标记蛋白质标准品。旨在针对最独特的蛋白质序列,提供高精度、可靠的定量,涵盖每个人类蛋白质中最独特的序列,并包括具有几个有希望的蛋白质型肽的大区域。

      QPrEST标准品是稳定同位素标记的标准品,用于使用质谱法进行绝对定量,几乎针对整个人类蛋白质组。每个QPrEST标准品由50-150个氨基酸组成,与相应的人类蛋白质的一部分相同。这些序列经过精心选择,与其他人类蛋白质的相似性较低,并覆盖具有多种蛋白型肽的区域


QPrEST 标准有什么好处


使用QPrEST对蛋白质进行定量的一个好处是,它们在工作流程的早期,在蛋白水解消化之前添加,与使用通常在消化步骤之后添加的合成肽标准品相比,减少了变化。

QPrEST和内源性蛋白质的共享氨基酸序列带来了两个额外的主要好处:

1、相似的消化效率,能够使用错切的肽,产生与完全裂解的肽相似的重轻比。

2、多种内在蛋白型肽,可在肽之间进行交叉验证以进行定量。



如何使用QPrEST标准

使用QPrEST标准很容易。它们经过预先定量并随时可用。




图为使用QPrEST标准进行蛋白质定量的工作流程示意图。在胰蛋白酶消化之前,将标记的QPrEST添加到蛋白质样品中。然后比较标记和未标记的肽以确定蛋白质浓度。

QPrEST标准是如何产生的


QPrEST标准品显示接近完全 (>99%) 的同位素掺入。这是通过在营养缺陷型大肠杆菌 BL21(DE3) 衍生物中表达蛋白质并添加重同位素标记的精氨酸和赖氨酸 (13C, 15N) 来实现的。

培养后,蛋白质被亲和纯化,使用N端六组氨酸标签,然后冻干长期储存。

为避免冻干步骤中引入的任何变化,冻干后执行以下质量控制步骤:

1、QPrEST纯度 (≥90%),Bioanalyzer protein 230完整蛋白质纯度测定

2、蛋白质完整性,完整蛋白质的LC-MS分析

3、蛋白质鉴定,消化蛋白质的LC-MS/MS分析

4、同位素掺入(>99%),消化蛋白质的LC-MS/MS分析

5、浓度测定,消化蛋白质的LC-MS/MS分析



END


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